El 22 de febrero de 1892, el paisajista francés Carlos Thays en calidad de Director General de Paseos Públicos de la Ciudad de Buenos Aires, elevó a la Intendencia Municipal un proyecto para la creación de un “Jardín Botánico de Aclimatación”, con objetivos científicos, paisajísticos y recreativos. Para tales fines requerió la cesión de 8 hectáreas de terreno, específicamente el situado en la calle Santa Fe a la altura del Parque Tres de Febrero. El proyecto fue aprobado por el intendente Francisco Bollini, por el Ministro del Interior Nicasio Oroño y tuvo el aval del Presidente Carlos Pellegrini.
En mayo del mismo año, se transfirió el predio solicitado a la Municipalidad de la Ciudad de Buenos Aires. Finalmente el Jardín Botánico se abrió al público el 7 de septiembre de 1898, y posteriormente en 1996 se lo declaró Monumento Histórico Nacional.
Cabe recordar que su creación fue parte de un plan de modernización urbana que comprendió también al Parque Tres de Febrero, cuya gestión se autorizó en 1874 durante la presidencia de Domingo Faustino Sarmiento.
